大会初日の第2試合に予定されていたジャイアンツジュニア対ソフトバンクジュニアの試合は、ソフトバンクジュニアのチーム関係者に新型コロナウイルス陽性者が出たため、没収試合となり、ジャイアンツジュニアの不戦勝が決まった。試合が開催されなかったのは大会史上初めてとなる。

都内の宿舎に入っていた前日28日に実施した2度目の自主検査（PCR検査）で1人が陽性判定を受けた。無症状だという。この日の試合開始時間までに、保健所による濃厚接触の認定ができなかったため、他の11球団の了承を得て、主催者が没収試合を判断した。

対戦相手だったジャイアンツジュニアは、2時間ほどシートノック、シート打撃で汗を流した。

なお、この日に予定されている他の5試合は予定通り実施される。30日のソフトバンクジュニアの試合については、保健所による濃厚接触者の選定作業の進捗（しんちょく）状況を踏まえて12球団と協議の上、主催者が判断する予定となっている。